Se llamaba Juan Ciudad y nació en 1495 en la población de Montemor o Novo, de la diócesis de Évora, en el reino de Portugal.
Se cree que era de familia judía, y quizás por ahí se explique que a los ocho años es sacado de su casa paterna, y llevado a Oripesa (Toledo) en la casa de Francisco Cid Mayoral, al cual le servía como pastor. Fue tan apreciado por su patrón que este le propuso, sin éxito, que se casara con su hija y fuese su heredero.
Juan entró en la milicia a la edad de 22 años y participó en varias batallas al servicio del Emperador Carlos V. En una de las campañas le pusieron a cuidar un depósito y, como el enemigo logró saquearlo, le condenaron a la horca. Juan se encomendó a la Virgen María y le perdonaron la vida.
Después de las experiencias guerreras dejó la vida militar; en Gibraltar desempeñó la profesión de vendedor de libros y luego se trasladó en Granada donde abrió una pequeña librería en la Puerta Elvira
Un día, mientras escuchaba el sermón predicado por San Juan de Ávila, sus palabras produjeron en él una conmoción tal que le llevó a destruir los libros que vendía, a vagar desnudo por las calles y a gritar. Por su comportamiento tan loco, fue encerrado en el Hospital Real. Allí sufre en propia carne el trato que se da a los enajenados internados, como celdas oscuras, maniatados, exorcismos o cadenas y finalmente toma conciencia de su misión: montar un hospital para “recoger los pobres desamparados y faltos de juicio”.
Del hospital lo libra san Juan de Ávila y lo manda peregrinar al santuario de la Virgen de Guadalupe en Extremadura. Allí madura su propósito y a los pies de la Virgen promete entregarse a los pobres, enfermos y a todos los desfavorecidos del mundo.
Luego vuelve a Granada y monta su primer hospital en calle Lucena. Pronto crece su fama y el número de sus discípulos así, el Obispo le pone el nombre de San Juan de Dios.
En los siguientes diez años abre otro hospital en la Cuesta de Gomérez.
Murió el 8 de marzo de 1550, víctima de una pulmonía a consecuencia del rescate de un muchacho que se estaba ahogando.
Fue beatificado por el papa Urbano VIII el 1 de septiembre de 1630 y canonizado por el papa Alejandro VIII, el 16 de octubre de 1690.
Fue nombrado santo patrón de los hospitales y de los enfermos.
A su muerte su obra se extendió por toda España, Portugal, Italia y Francia y hoy día está presente en los cinco continentes.